人類在極其偶然的情況下發(fā)現(xiàn)了永恒之迷--蓋塔線,為了最大限度提取蓋塔線,人類在月球建立了蓋塔線的收集基地。但沒人想到這竟是世界末日的開始.....被稱為invader的神秘生物突然來襲，月球轉(zhuǎn)眼被占領(lǐng)。全地球圈集合了所有戰(zhàn)力，以超級機器人軍團為主力向月球的invader發(fā)動進攻，隸屬于早乙女研究所，當(dāng)時年僅弱冠的流龍馬神隼人巴武藏也參加了戰(zhàn)爭，蓋塔作為主要戰(zhàn)力登場。在世界上蓋塔線研究首屈一指的早已女研究所的領(lǐng)導(dǎo)下，經(jīng)過十年的“月世界戰(zhàn)爭”，人類終于將invader消滅，但是......

戰(zhàn)后的早已女研究所，依舊在發(fā)新的蓋塔，他的代號是“龍計劃”。國聯(lián)也派來了專家協(xié)助開發(fā)，但沒人知道所謂專家竟是invader的spy－－高云和史丁格。在蓋塔龍的合體試驗中，早乙女博士的女兒早乙女美智流被invader寄生，美智流為了拯救參與合體的龍馬和隼人，緊急降速，導(dǎo)致三機相撞，美智流與invader同歸于盡。早乙女博士在檢查美智流尸體時發(fā)現(xiàn)了進化了的invader，感到了危險的來臨，啟動了“真龍計劃”。計劃的第一環(huán)是已開發(fā)完成的龍蓋塔系列的量產(chǎn)化，第二環(huán)是作為真龍護衛(wèi)機存在的真蓋塔的建造（隼人參與），最后是將自己和美智流的細胞，龍馬，隼人的細胞交給同行敷島博士，通過蓋塔線的照射，創(chuàng)造新人類（作為真龍的駕駛者）。但計劃只實施了一半，早乙女自己也被感染，成為invader。隼人將invader化的早乙女擊斃，剛好趕到的龍馬發(fā)現(xiàn)了二人。隼人逃離了案發(fā)現(xiàn)場，而所有人都認(rèn)為龍馬是兇手，包括早乙女的次女早乙女元氣也因此患上了自閉癥，而a級罪犯龍馬被判終生監(jiān)禁。那之后三年......

因為invader的感染成為不死身的早乙女的復(fù)仇開始。首先他駕駛真蓋塔強奪了新人類“號”，然后又以龍蓋塔軍團向全世界宣戰(zhàn)。迫不得已，國聯(lián)假釋了前蓋塔部隊隊長流龍馬，并邀請高云和史丁格加入，共同商討對策。龍馬以一機蓋塔與眾多龍蓋塔戰(zhàn)斗之時，察覺到異樣的隼人和武藏分別駕駛蓋塔2和蓋塔 3趕來，而號終于覺醒，令真龍合體！另兩個新人類的培養(yǎng)卻失敗了，變成了怪物，將早乙女打倒。暫時恢復(fù)良知的早乙女令真蓋塔啟動，高云和史丁格控制了國聯(lián)，發(fā)射了重陽子爆彈。為了挽救日本，龍馬，隼人拋下了恩怨和號一起到宇宙阻止爆彈的落下，而地上巴武藏戰(zhàn)死，早乙女完全被invader化。在龍馬等人的努力下，重陽子爆彈沒有直接墜落日本，卻在淺間山早乙女研究所上空爆炸。日本也避免了毀滅的厄運。但由于真龍的進化不完全，重陽子爆彈的引爆釋放了真龍體內(nèi)的全部的蓋塔線，導(dǎo)致全地球圈籠罩在蓋塔線的污染下，使得地球成為了適合invader生存的場所，而重陽子爆彈爆炸的余震也使日本本州島四分五裂......

此后的地球，人類一直在與invader戰(zhàn)斗著，所不同的是，再沒有蓋塔了。

13年后，幸存的人類向invader發(fā)動了總攻。剛從地底避難所出發(fā)到地面的弁慶，凱，古田，圖六，溪（早乙女元氣）成功與地上的超級機器人軍團會合，在廢棄的早乙女研究所中發(fā)現(xiàn)的號和真蓋塔也一起加入。超級機器人軍團在神隼人的領(lǐng)導(dǎo)下，為了捕獲和破壞真龍，不斷與invader作戰(zhàn)。而在阿拉斯加，新生蓋塔隊（號，溪，凱）遇到了最大的危機－－invader吸收了人類作為人質(zhì)，危機一發(fā)之時，一架黑蓋塔從天而降，毫不留情的將invader 和人質(zhì)一起消滅。在紐約，終于知曉了那架黑蓋塔的駕駛員正是十三年前身處重陽子爆彈爆炸中心的流龍馬，而他的相貌竟與十三年前一模一樣！

被invader利用的真龍正在蘇醒和進化，蓋塔隊卻被困在紐約，龍馬等人將紐約沉入大海，及時趕到太平洋上的火山島，與早乙女，高云，史丁格駕駛的真龍決戰(zhàn)！號因為真龍邪惡的波動而戰(zhàn)斗不能，龍馬的黑蓋塔也被秒殺。代替號三人，龍馬弁慶又坐上真蓋塔，但真蓋塔與真龍的力量相差太遠，依然處于下風(fēng)。隼人決定用母艦“塔”來吸收真龍的蓋塔線，結(jié)果因超負(fù)荷而爆炸，同艦的敷島博士死亡（死前發(fā)現(xiàn)了真龍和號以及進化的秘密）。隼人被真蓋塔救起，這樣三人又集齊了！復(fù)活的蓋塔隊利用真龍吸收蓋塔線的機會，進入真龍體內(nèi)。早乙女三人制造了幻空間，使龍馬，隼人，弁慶失去了戰(zhàn)斗能力。號在昏迷中將人們的思念和記憶聯(lián)系起來，將自己（早乙女美智流）的記憶和巴武藏的思念帶給三人,鼓勵三人使出最強奧義“烈陽閃光彈”，將真龍體內(nèi)的邪惡生化龍蓋塔消滅，臨死前的早乙女將開拓人類的未來托付給了龍馬三人，高云和史丁格則逃向了宇宙。蘇醒的號與溪凱使用真龍將全世界的蓋塔線吸收，使地球重現(xiàn)生機后，燃盡生命而倒下。
高云和史丁格將蓋塔龍的爐心丟入木星，企圖使木星變成蓋塔線的太陽，原來發(fā)現(xiàn)地球已不適合invader生存的他們放棄了地球，把目標(biāo)放向了整個太陽系。木星圈的重力的崩壞使衛(wèi)星“加倪莫德斯”（本人孤陋寡聞沒聽過，是不是九大行星里德一個？），向地球撞來。隼人等人使用激光炮失敗，反而把月球擊破。超級機器人軍團全體飛向宇宙，與invader作個了斷。然而，連烈陽閃光彈也對“加倪莫德斯”毫無作用，而凱溪等人也彈藥用盡，invader依舊如潮涌來。感受到溪面臨危險的號用自己的思念完成了真龍的最終進化，飛出軌道圈，只一發(fā)蓋塔死光將“加倪莫德斯”徹底擊毀！“六個人的力量，集合在一起 ”，真龍及真蓋塔同過蟲蝕到達木星，然而等待在那里的是已經(jīng)高度進化了的invader和已經(jīng)和木星融合了的高云和史丁格，從他們口中，號等人吃驚的得知所謂invader竟和人類是同一起源，而所有一切都是因為－－被認(rèn)為是未來的曙光，無限能源的蓋塔線！

原來蓋塔線是能左右進化的能源，被他選擇了的生物，就會進化；被他拋棄了的生物，就會被淘汰，就像恐龍，被選中的生物取代。人類為了無限能源，肆意利用蓋塔線，卻不知自己已是又一個被蓋塔線玩弄的對象。濫用蓋塔線的代價就是使invader得到了智力，得到了進化。

然而，即使這一切都是真的，人類自己的未來絕對要由人類自己開拓！思念和記憶才是人類進化的根本！龍馬等人在戰(zhàn)斗的最后明白了進化的意義,明白了號的力量之源，明白了早乙女在死前的托付－－人類要擺脫對蓋塔線的依賴。invader是一群只懂得依賴蓋塔線生存的怪物，當(dāng)然不能理解號等人放棄蓋塔線的理由。木星的巨星化還在繼續(xù)，真龍將全部能量注入真蓋塔體內(nèi)，使用蓋塔究級戰(zhàn)斧將高云和史丁格消滅，安定了木星。但惡夢還剛開始－－－太陽系外的 invader正通過時空震向地球出發(fā)！無比巨大的invader吞噬了冥王星，照這趨勢，全太陽系都會被吃掉的，而剛才的戰(zhàn)斗已用盡真龍的全部能量！危急關(guān)頭，龍馬等人提議使用真蓋塔的爐心，發(fā)射“真shinningspark”。六個人使出“真shinningspark”，沖向invader，他們看到的究竟是......比真龍更巨大的蓋塔！以及在那架蓋塔頭部，因是駕駛艙的地方看到的那個人是－－“等你們很久了，蓋塔隊。”這身影，這聲音，“ 哼，我明白了?！宾廊?，弁慶也發(fā)現(xiàn)了嗎？“當(dāng)然！”于是，龍馬，隼人，弁慶將真龍分離，自爆真蓋塔，將時空震關(guān)閉，將invader擋在了無數(shù)光年外的他星系。

木星宙域，號，溪 ，凱看著真蓋塔爆炸的閃光，那像不像又一次黎明？

人類依靠自己的力量，而不是蓋塔線，開拓了自己的未來！


十四年后……

人類似乎已將invader的危險減到了最小，地球上的復(fù)興作業(yè)也在繼續(xù)，可是蟲人類的到來又一次向世上所有人宣判了世界末日的到來。蟲人類似乎是invader的最終進化形態(tài)，擁有高度的智慧，變態(tài)的生命力，嚴(yán)禁的地位制度，壓倒性的數(shù)量。遠離戰(zhàn)事的人類連潘多拉魔盒里最后的東西也沒有了，當(dāng)蟲人類再一次想滅亡人類時一個龐大的身影攔在了他們的面前－－蓋塔！

做了十七年孤兒的流龍馬，在逃亡過程中從早乙女研究所廢墟里發(fā)現(xiàn)了一部蓋塔－－蓋塔阿克，早乙女還未開發(fā)完成的最后一部蓋塔（完成的蓋塔里，真蓋塔是最后一部，由于真龍計劃的啟動而優(yōu)先開發(fā)真蓋塔）。流龍馬和他的蓋塔阿克是人類的最后希望，但已在整個銀河各個角落堆滿部隊的蟲人類向人類發(fā)動了總攻，蓋塔的抵抗完全是微不足道的。當(dāng)?shù)厍蚓鸵耆珰绲臅r候，初代蓋塔隊又回來了！

二十七年前，重陽子爆彈的爆炸將真龍的蓋塔線完全引發(fā)出來，身處爆炸中心的龍馬被炸到了時空的裂縫，一下子回到了十三年后，在那同時，龍馬看到了所有生命的記憶。而十三年后，真龍和真蓋塔用“真shinningspark”殺入時空震時，看到了巨大的蓋塔，也就是蓋塔皇帝駕駛艙中那個人，就是......龍馬！穿越時空，一直在等著十四年前的自己的到來！

“等你們好久了，蓋塔隊?！薄昂?，我明白了。”龍馬好像在對自己說話一樣，然后，真蓋塔自爆，宇宙中的蓋塔線紛紛聚集，演化成實體－－蓋塔皇帝。

蓋塔以壓倒性的破壞力打擊著蟲人類，使蟲人類無處可逃，徹底從這個宇宙中消失！而穿越時空的蓋塔皇帝也和他的主人一起消失在了宇宙的盡頭。