人類(lèi)在極其偶然的情況下發(fā)現(xiàn)了永恒之迷--蓋塔線,為了最大限度提取蓋塔線,人類(lèi)在月球建立了蓋塔線的收集基地。但沒(méi)人想到這竟是世界末日的開(kāi)始.....被稱(chēng)為invader的神秘生物突然來(lái)襲，月球轉(zhuǎn)眼被占領(lǐng)。全地球圈集合了所有戰(zhàn)力，以超級(jí)機(jī)器人軍團(tuán)為主力向月球的invader發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，隸屬于早乙女研究所，當(dāng)時(shí)年僅弱冠的流龍馬神隼人巴武藏也參加了戰(zhàn)爭(zhēng)，蓋塔作為主要戰(zhàn)力登場(chǎng)。在世界上蓋塔線研究首屈一指的早已女研究所的領(lǐng)導(dǎo)下，經(jīng)過(guò)十年的“月世界戰(zhàn)爭(zhēng)”，人類(lèi)終于將invader消滅，但是......

戰(zhàn)后的早已女研究所，依舊在發(fā)新的蓋塔，他的代號(hào)是“龍計(jì)劃”。國(guó)聯(lián)也派來(lái)了專(zhuān)家協(xié)助開(kāi)發(fā)，但沒(méi)人知道所謂專(zhuān)家竟是invader的spy－－高云和史丁格。在蓋塔龍的合體試驗(yàn)中，早乙女博士的女兒早乙女美智流被invader寄生，美智流為了拯救參與合體的龍馬和隼人，緊急降速，導(dǎo)致三機(jī)相撞，美智流與invader同歸于盡。早乙女博士在檢查美智流尸體時(shí)發(fā)現(xiàn)了進(jìn)化了的invader，感到了危險(xiǎn)的來(lái)臨，啟動(dòng)了“真龍計(jì)劃”。計(jì)劃的第一環(huán)是已開(kāi)發(fā)完成的龍蓋塔系列的量產(chǎn)化，第二環(huán)是作為真龍護(hù)衛(wèi)機(jī)存在的真蓋塔的建造（隼人參與），最后是將自己和美智流的細(xì)胞，龍馬，隼人的細(xì)胞交給同行敷島博士，通過(guò)蓋塔線的照射，創(chuàng)造新人類(lèi)（作為真龍的駕駛者）。但計(jì)劃只實(shí)施了一半，早乙女自己也被感染，成為invader。隼人將invader化的早乙女擊斃，剛好趕到的龍馬發(fā)現(xiàn)了二人。隼人逃離了案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，而所有人都認(rèn)為龍馬是兇手，包括早乙女的次女早乙女元?dú)庖惨虼嘶忌狭俗蚤]癥，而a級(jí)罪犯龍馬被判終生監(jiān)禁。那之后三年......

因?yàn)閕nvader的感染成為不死身的早乙女的復(fù)仇開(kāi)始。首先他駕駛真蓋塔強(qiáng)奪了新人類(lèi)“號(hào)”，然后又以龍蓋塔軍團(tuán)向全世界宣戰(zhàn)。迫不得已，國(guó)聯(lián)假釋了前蓋塔部隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)流龍馬，并邀請(qǐng)高云和史丁格加入，共同商討對(duì)策。龍馬以一機(jī)蓋塔與眾多龍蓋塔戰(zhàn)斗之時(shí)，察覺(jué)到異樣的隼人和武藏分別駕駛蓋塔2和蓋塔 3趕來(lái)，而號(hào)終于覺(jué)醒，令真龍合體！另兩個(gè)新人類(lèi)的培養(yǎng)卻失敗了，變成了怪物，將早乙女打倒。暫時(shí)恢復(fù)良知的早乙女令真蓋塔啟動(dòng)，高云和史丁格控制了國(guó)聯(lián)，發(fā)射了重陽(yáng)子爆彈。為了挽救日本，龍馬，隼人拋下了恩怨和號(hào)一起到宇宙阻止爆彈的落下，而地上巴武藏戰(zhàn)死，早乙女完全被invader化。在龍馬等人的努力下，重陽(yáng)子爆彈沒(méi)有直接墜落日本，卻在淺間山早乙女研究所上空爆炸。日本也避免了毀滅的厄運(yùn)。但由于真龍的進(jìn)化不完全，重陽(yáng)子爆彈的引爆釋放了真龍?bào)w內(nèi)的全部的蓋塔線，導(dǎo)致全地球圈籠罩在蓋塔線的污染下，使得地球成為了適合invader生存的場(chǎng)所，而重陽(yáng)子爆彈爆炸的余震也使日本本州島四分五裂......

此后的地球，人類(lèi)一直在與invader戰(zhàn)斗著，所不同的是，再?zèng)]有蓋塔了。

13年后，幸存的人類(lèi)向invader發(fā)動(dòng)了總攻。剛從地底避難所出發(fā)到地面的弁慶，凱，古田，圖六，溪（早乙女元?dú)猓┏晒εc地上的超級(jí)機(jī)器人軍團(tuán)會(huì)合，在廢棄的早乙女研究所中發(fā)現(xiàn)的號(hào)和真蓋塔也一起加入。超級(jí)機(jī)器人軍團(tuán)在神隼人的領(lǐng)導(dǎo)下，為了捕獲和破壞真龍，不斷與invader作戰(zhàn)。而在阿拉斯加，新生蓋塔隊(duì)（號(hào)，溪，凱）遇到了最大的危機(jī)－－invader吸收了人類(lèi)作為人質(zhì)，危機(jī)一發(fā)之時(shí)，一架黑蓋塔從天而降，毫不留情的將invader 和人質(zhì)一起消滅。在紐約，終于知曉了那架黑蓋塔的駕駛員正是十三年前身處重陽(yáng)子爆彈爆炸中心的流龍馬，而他的相貌竟與十三年前一模一樣！

被invader利用的真龍正在蘇醒和進(jìn)化，蓋塔隊(duì)卻被困在紐約，龍馬等人將紐約沉入大海，及時(shí)趕到太平洋上的火山島，與早乙女，高云，史丁格駕駛的真龍決戰(zhàn)！號(hào)因?yàn)檎纨埿皭旱牟▌?dòng)而戰(zhàn)斗不能，龍馬的黑蓋塔也被秒殺。代替號(hào)三人，龍馬弁慶又坐上真蓋塔，但真蓋塔與真龍的力量相差太遠(yuǎn)，依然處于下風(fēng)。隼人決定用母艦“塔”來(lái)吸收真龍的蓋塔線，結(jié)果因超負(fù)荷而爆炸，同艦的敷島博士死亡（死前發(fā)現(xiàn)了真龍和號(hào)以及進(jìn)化的秘密）。隼人被真蓋塔救起，這樣三人又集齊了！復(fù)活的蓋塔隊(duì)利用真龍吸收蓋塔線的機(jī)會(huì)，進(jìn)入真龍?bào)w內(nèi)。早乙女三人制造了幻空間，使龍馬，隼人，弁慶失去了戰(zhàn)斗能力。號(hào)在昏迷中將人們的思念和記憶聯(lián)系起來(lái)，將自己（早乙女美智流）的記憶和巴武藏的思念帶給三人,鼓勵(lì)三人使出最強(qiáng)奧義“烈陽(yáng)閃光彈”，將真龍?bào)w內(nèi)的邪惡生化龍蓋塔消滅，臨死前的早乙女將開(kāi)拓人類(lèi)的未來(lái)托付給了龍馬三人，高云和史丁格則逃向了宇宙。蘇醒的號(hào)與溪?jiǎng)P使用真龍將全世界的蓋塔線吸收，使地球重現(xiàn)生機(jī)后，燃盡生命而倒下。
高云和史丁格將蓋塔龍的爐心丟入木星，企圖使木星變成蓋塔線的太陽(yáng)，原來(lái)發(fā)現(xiàn)地球已不適合invader生存的他們放棄了地球，把目標(biāo)放向了整個(gè)太陽(yáng)系。木星圈的重力的崩壞使衛(wèi)星“加倪莫德斯”（本人孤陋寡聞沒(méi)聽(tīng)過(guò)，是不是九大行星里德一個(gè)？），向地球撞來(lái)。隼人等人使用激光炮失敗，反而把月球擊破。超級(jí)機(jī)器人軍團(tuán)全體飛向宇宙，與invader作個(gè)了斷。然而，連烈陽(yáng)閃光彈也對(duì)“加倪莫德斯”毫無(wú)作用，而凱溪等人也彈藥用盡，invader依舊如潮涌來(lái)。感受到溪面臨危險(xiǎn)的號(hào)用自己的思念完成了真龍的最終進(jìn)化，飛出軌道圈，只一發(fā)蓋塔死光將“加倪莫德斯”徹底擊毀！“六個(gè)人的力量，集合在一起 ”，真龍及真蓋塔同過(guò)蟲(chóng)蝕到達(dá)木星，然而等待在那里的是已經(jīng)高度進(jìn)化了的invader和已經(jīng)和木星融合了的高云和史丁格，從他們口中，號(hào)等人吃驚的得知所謂invader竟和人類(lèi)是同一起源，而所有一切都是因?yàn)椋徽J(rèn)為是未來(lái)的曙光，無(wú)限能源的蓋塔線！

原來(lái)蓋塔線是能左右進(jìn)化的能源，被他選擇了的生物，就會(huì)進(jìn)化；被他拋棄了的生物，就會(huì)被淘汰，就像恐龍，被選中的生物取代。人類(lèi)為了無(wú)限能源，肆意利用蓋塔線，卻不知自己已是又一個(gè)被蓋塔線玩弄的對(duì)象。濫用蓋塔線的代價(jià)就是使invader得到了智力，得到了進(jìn)化。

然而，即使這一切都是真的，人類(lèi)自己的未來(lái)絕對(duì)要由人類(lèi)自己開(kāi)拓！思念和記憶才是人類(lèi)進(jìn)化的根本！龍馬等人在戰(zhàn)斗的最后明白了進(jìn)化的意義,明白了號(hào)的力量之源，明白了早乙女在死前的托付－－人類(lèi)要擺脫對(duì)蓋塔線的依賴。invader是一群只懂得依賴蓋塔線生存的怪物，當(dāng)然不能理解號(hào)等人放棄蓋塔線的理由。木星的巨星化還在繼續(xù)，真龍將全部能量注入真蓋塔體內(nèi)，使用蓋塔究級(jí)戰(zhàn)斧將高云和史丁格消滅，安定了木星。但惡夢(mèng)還剛開(kāi)始－－－太陽(yáng)系外的 invader正通過(guò)時(shí)空震向地球出發(fā)！無(wú)比巨大的invader吞噬了冥王星，照這趨勢(shì)，全太陽(yáng)系都會(huì)被吃掉的，而剛才的戰(zhàn)斗已用盡真龍的全部能量！危急關(guān)頭，龍馬等人提議使用真蓋塔的爐心，發(fā)射“真shinningspark”。六個(gè)人使出“真shinningspark”，沖向invader，他們看到的究竟是......比真龍更巨大的蓋塔！以及在那架蓋塔頭部，因是駕駛艙的地方看到的那個(gè)人是－－“等你們很久了，蓋塔隊(duì)?！边@身影，這聲音，“ 哼，我明白了?！宾廊?，弁慶也發(fā)現(xiàn)了嗎？“當(dāng)然！”于是，龍馬，隼人，弁慶將真龍分離，自爆真蓋塔，將時(shí)空震關(guān)閉，將invader擋在了無(wú)數(shù)光年外的他星系。

木星宙域，號(hào)，溪 ，凱看著真蓋塔爆炸的閃光，那像不像又一次黎明？

人類(lèi)依靠自己的力量，而不是蓋塔線，開(kāi)拓了自己的未來(lái)！


十四年后……

人類(lèi)似乎已將invader的危險(xiǎn)減到了最小，地球上的復(fù)興作業(yè)也在繼續(xù)，可是蟲(chóng)人類(lèi)的到來(lái)又一次向世上所有人宣判了世界末日的到來(lái)。蟲(chóng)人類(lèi)似乎是invader的最終進(jìn)化形態(tài)，擁有高度的智慧，變態(tài)的生命力，嚴(yán)禁的地位制度，壓倒性的數(shù)量。遠(yuǎn)離戰(zhàn)事的人類(lèi)連潘多拉魔盒里最后的東西也沒(méi)有了，當(dāng)蟲(chóng)人類(lèi)再一次想滅亡人類(lèi)時(shí)一個(gè)龐大的身影攔在了他們的面前－－蓋塔！

做了十七年孤兒的流龍馬，在逃亡過(guò)程中從早乙女研究所廢墟里發(fā)現(xiàn)了一部蓋塔－－蓋塔阿克，早乙女還未開(kāi)發(fā)完成的最后一部蓋塔（完成的蓋塔里，真蓋塔是最后一部，由于真龍計(jì)劃的啟動(dòng)而優(yōu)先開(kāi)發(fā)真蓋塔）。流龍馬和他的蓋塔阿克是人類(lèi)的最后希望，但已在整個(gè)銀河各個(gè)角落堆滿部隊(duì)的蟲(chóng)人類(lèi)向人類(lèi)發(fā)動(dòng)了總攻，蓋塔的抵抗完全是微不足道的。當(dāng)?shù)厍蚓鸵耆珰绲臅r(shí)候，初代蓋塔隊(duì)又回來(lái)了！

二十七年前，重陽(yáng)子爆彈的爆炸將真龍的蓋塔線完全引發(fā)出來(lái)，身處爆炸中心的龍馬被炸到了時(shí)空的裂縫，一下子回到了十三年后，在那同時(shí)，龍馬看到了所有生命的記憶。而十三年后，真龍和真蓋塔用“真shinningspark”殺入時(shí)空震時(shí)，看到了巨大的蓋塔，也就是蓋塔皇帝駕駛艙中那個(gè)人，就是......龍馬！穿越時(shí)空，一直在等著十四年前的自己的到來(lái)！

“等你們好久了，蓋塔隊(duì)?！薄昂?，我明白了?！饼堮R好像在對(duì)自己說(shuō)話一樣，然后，真蓋塔自爆，宇宙中的蓋塔線紛紛聚集，演化成實(shí)體－－蓋塔皇帝。

蓋塔以壓倒性的破壞力打擊著蟲(chóng)人類(lèi)，使蟲(chóng)人類(lèi)無(wú)處可逃，徹底從這個(gè)宇宙中消失！而穿越時(shí)空的蓋塔皇帝也和他的主人一起消失在了宇宙的盡頭。